Jaskinia jest przede wszystkim cennym siedliskiem nietoperzy, objętym ochroną obszarów Natura 2000. Obecność człowieka niepokoi zwierzęta co jest szczególnie istotne zimą, kiedy hibernują. Każdorazowe wybudzenie ze snu powoduje ogromną utratę energii zmagazynowanej na okres zimowy i tym samym najczęściej prowadzi do śmierci zwierząt. Mechanizm jest prosty - sygnałem do indukowania wybudzenia staje się zmiana temperatury. Nasza obecność w podziemiach podczas hibernacji zaburza równowagę cieplną obiektu. Ten ślad termiczny człowieka nawet w dużej przestrzeni może się dla nas wydawać nieznaczący, jednak dla nietoperzy ten pozornie nieodczuwalny sygnał może już powodować rozpoczęcie wybudzania. Co więcej, sygnał ten – wzmocniony przez przebudzone już nietoperze i ich odgłosy - powoduje efekt kaskadowy i wybudzanie kolejnych osobników.
Zakaz wstępu do jaskini Szachownica podyktowany jest również bezpieczeństwem.
Mimo zabezpieczenia stropów przed całkowitym zawaleniem się obiektu nadal istnieje ogromne ryzyko oderwania się głazów. Ponadto regularnie odspajają się pojedyncze mniejsze fragmenty łupków, które stwarzają ogromne niebezpieczeństwo dla zdrowia i życia zwiedzających.
- Rok temu, w czasie długiego weekendu majowego, zamontowaliśmy w jaskini „ukrytą kamerę”. Już wcześniej byliśmy świadomi zjawiska jej penetracji przez turystów, mimo to zaskoczyła nas skala nieuprawnionego wstępu – nagranie zarejestrowało ponad 100 osób, w tym 20 dzieci z rodzicami, przechodzących przez jaskinię - mówi Przemysław Skrzypiec, Zastępca Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska i Regionalny Konserwator Przyrody i podkreśla: - Zmierzamy jednak w dobrym kierunku - po nagłośnieniu sprawy zauważyliśmy, że rośnie świadomość społeczna na temat zakazów obowiązujących w rezerwacie, w tym tego najważniejszego - dotyczącego zakazu wstępu do jaskini oraz świadomość tego, że obiekt jest monitorowany zarówno przez nas, jak i przez służby leśne.
– Informowaliśmy o obowiązującym zakazie i o istocie jego obowiązywania, podkreślając, że w rezerwatach to przyroda ma pierwszeństwo i musimy to uszanować – mówi Marlena Miłoch, główny specjalista RDOŚ ds. rezerwatów przyrody w woj. śląskim i przypomina: - Zgodnie z przepisami ustawy o ochronie przyrody (art. 127 pkt 1 lit. b) kto umyślnie narusza zakazy obowiązujące w rezerwatach przyrody, czyli przykładowo nielegalnie wchodzi do jaskini, podlega karze grzywny albo aresztu. Nie jest to martwy zapis, bowiem kary takie były już niejednokrotnie nakładane.
Geneza jaskini związana jest z naturalnymi procesami odpływu wód topniejącego lądolodu zlodowacenia środkowopolskiego, ale jej obecny kształt jest wynikiem trwającej do 1962 r. eksploatacji wapienia. W celu ochrony wapiennego wzgórza oraz systemu korytarzy proglacjalnej jaskini Szachownica, w 1978 roku utworzono w tym miejscu rezerwat przyrody.
