Kolejne kontrowersje wywołały słowa papieża Franciszka wypowiedziane w marcu 2023 roku. W wywiadzie opublikowanym na portalu CathoBel (oficjalnym serwisie belgijskiego episkopatu) Franciszek przyznał, że widzi cierpienie niewinnych, lecz podkreślił, że "każda wojna jest porażką" i stwierdził, że nie może wybrać strony.

— Wojna jest zła sama w sobie — powiedział.

W sierpniu 2023 roku na zakończenie rozmowy online z rosyjską młodzieżą katolicką zgromadzoną w Petersburgu papież Franciszek powiedział:

"Nie zapominajcie nigdy o waszym dziedzictwie. Jesteście dziećmi wielkiej Rosji; wielkiej Rosji świętych, króla, wielkiej Rosji Piotra I, Katarzyny II, tego wielkiego imperium, o tak wielkiej kulturze i wielkim człowieczeństwie. Nie rezygnujcie nigdy z tego dziedzictwa. Jesteście spadkobiercami Matki Rosji, idźcie z nią naprzód. I dziękuję wam za wasz sposób bycia, za sposób, w jaki jesteście Rosjanami".

Słowa o "wielkiej Rosji" wywołały wielkie oburzenie. Papieżowi zarzucono zachęcanie rosyjskiej młodzieży do "wychwalania imperialistycznej logiki", którą kierowali się caryca Katarzyna II czy Piotr I. Szczególnie, że to właśnie na ich osiągnięciach wzoruje się Putin.

Sytuację musiał łagodzić (nie po raz pierwszy zresztą) Matteo Bruni, dyrektor biura prasowego Stolicy Apostolskiej. W pisemnym oświadczeniu przekazał, że "papież zamierzał zachęcić młodych ludzi do zachowania i promowania tego, co jest pozytywne w wielkim rosyjskim dziedzictwie kulturowym i duchowym".

Dalej było tylko gorzej. W marcu 2024 roku papież Franciszek stwierdził, że "Wołodymyr Zełenski i jego kraj powinni wykazać się odwagą białej flagi".

– Silniejszy jest ten, kto widzi sytuację, kto myśli o narodzie, kto ma odwagę białej flagi, by negocjować. Kiedy widzisz, że jesteś pokonany, a sprawy nie idą dobrze, musisz mieć odwagę negocjować (...) To wstydliwa kwestia, ale z drugiej strony, iloma ofiarami to się skończy? Negocjujcie zawczasu, poszukajcie jakiegoś kraju do mediacji. Nie wstydźcie się negocjować, zanim będzie gorzej – stwierdził.

Jego słowa wywołały skandal. Papieżowi zarzucono, że uważa Ukrainę za winną dalszego rozlewu krwi, czym promuje rosyjski interes. Po medialnej burzy głos musiał (znów) zabrać rzecznik Watykanu Matteo Bruni. W oświadczeniu przekazał, że papież "podchwycił termin »biała flaga« wypowiedziany przez prowadzącego wywiad i użył go, aby wskazać na zaprzestanie działań wojennych i rozejm osiągnięty dzięki odwadze negocjacji".

W maju 2024 roku głośnym echem odbiły się słowa Franciszka o homoseksualistach w seminariach. Podczas zamkniętego spotkania z 200 włoskimi biskupami papież wypowiedział się przeciwko obecności homoseksualistów w seminariach, mówiąc, że jest za dużo "gejostwa". W tym przypadku zachowanie Franciszka tłumaczono jako "językową gafę", która wynika z faktu, że włoski nie jest jego pierwszym językiem.

W tym samym czasie papież miał powiedzieć grupie księży, że "plotkowanie to kobieca sprawa". Sprawę ujawnił "The Guardian", a Franciszek znów stanął w ogniu krytyki. Kilka miesięcy później znów znalazł się na celowniku, gdy podczas spotkania ze studentami belgijskiej katolickiej uczelni stwierdził, że "kobiecość jest płodnym przyjęciem, troską, życiodajnym poświęceniem". Ten pogląd nie spotkał się z przychylnością młodzieży ani władz uniwersytetu, kóre wydały oświadczenie potępiające "konserwatywne stanowisko papieża na temat roli kobiet w społeczeństwie".